Introduction to Matlab Distributed Computing Server (MDCS) [CQ - U. McGill]

Dec 1, 2015 · Montréal, Canada

This workshop will be given by Pier-Luc St-Onge, an HPC analyst working at McGill HPC, Calcul Québec.

Summary

The Matlab Distributed Computing Server is a software package installed on Guillimin that allows users to submit parallel Matlab jobs from their desktop workstation to the Guillimin computing cluster. We will show users how to configure their workstation to use the Guillimin MDCS, how to submit jobs to the queue, and how to write parallel Matlab programs.

Requirements

  • Participants are expected to be comfortable programming Matlab programs (loops and function calls).
  • Bring your own laptop if it has Matlab 2012a, 2012b, 2013a, 2013b, 2014a or 2014b installed. The Parallel Toolbox must be installed along with Matlab.


Outline

  • Introduction
  • Configuring MDCS for Guillimin
  • Submitting and monitoring jobs on Guillimin
    • batch command
  • Parallel toolbox
    • parfor loops (parallel for loops)
    • spmd sections (single program multiple data)
    • distributed arrays (large memory problems)
    • GPUs and Xeon Phis


FAQ

  • Q: If I bring my own laptop, what software should I install?
    A: Matlab and the Parallel Toolbox. Finally, an SSH client. Depending on your operating system:
    1. Linux: find the built-in terminal application
    2. Mac OS X: find the built-in terminal (Apple key + Space, type "terminal")
    3. Windows: install Cygwin, PuTTy+Xming or MobaXterm


How can I contact the organizer if I have questions?

Please email support@calculquebec.ca


 

Cet atelier sera donné en anglais par Pier-Luc St-Onge, un analyste en calcul informatique de pointe de McGill HPC, Calcul Québec.

Résumé

Le "Matlab Distributed Computing Server" (MDCS) est un logiciel installé sur Guillimin. Ce logiciel permet aux utilisateurs de soumettre des tâches Matlab parallèles de leur ordinateur personnel vers la grappe de calcul Guillimin. Dans cet atelier pratique, nous montrerons comment configurer un ordinateur avec les différents scripts MDCS pour Guillimin, comment soumettre des tâches dans la file d'attente et comment écrire des programmes parallèles avec Matlab.

Prérequis

  • On s'attend à ce que les participants soient à l'aise avec la programmation Matlab (boucles et appels de fonctions).
  • Apportez votre propre ordinateur portatif s'il a Matlab 2012a, 2012b, 2013a, 2013b, 2014a or 2014b. Le Parallel Toolbox doit être installé avec Matlab.


Plan de cours

  • Introduction
  • Configurer MDCS pour Guillimin
  • Soumettre et monitorer des tâches sur Guillimin
    • La commande batch
  • Le Parallel Toolbox
    • Boucles parfor (parallel for)
    • Sections spmd (single program multiple data)
    • Matrices distribuées (problèmes utilisant beaucoup de mémoire-vive)
    • GPUs et Xeon Phis


FAQ

  • Q: Si j'apporte mon ordinateur portatif, quel(s) logiciel(s) dois-je installer
    R: Matlab et le Parallel Toolbox. De plus, un client SSH. Selon votre système d'exploitation:
    1. Linux: un terminal est généralement inclus avec une distribution Linux (accessoire ou outil administrateur)
    2. Mac OS X: un terminal est inclus (touche Pomme + Espace, entrez "terminal")
    3. Windows: installez Cygwin, PuTTy+Xming ou MobaXterm


Comment puis-je joindre les organisateurs si j'ai des questions?

Par courriel: support@calculquebec.ca

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  • Calcul Québec

    Calcul Québec est un regroupement d’universités québécoises réunies autour du calcul informatique de pointe (CIP). Nous proposons des formations et midi-conférences sur différents sujets allant de l'initiation à la programmation, à l'analyse des données et la programmation parallèle. Partenaire régional de Calcul Canada, Calcul Québec bénéficie du soutien financier de la Fondation canadienne pour l’innovation, du Ministère de l’Économie et de l’Innovation et des Fonds de recherche du Québec.

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